Роман «Соборяне» был написан в 1866–1872 годах. До итоговой версии было написано несколько черновых и промежуточных вариантов. В 1867-м появился первый вариант «Соборян» — «Чающие движения воды»; в 1868-м второй — «Божедомы». Все эти ранние редакции Лесков начинал публиковать, но публикация не доходила до конца. Писатель не прекращал работу над романом, вносил в него существенные изменения. Итоговая редакция, получившая название «Соборяне», была закончена в 1872 году.
Что повлияло на идею написания? Собственные воспоминания Лескова, выходца из семьи священников. Политические новости и тревоги 1860-х — и реакция на них, в том числе создающиеся одновременно с «Соборянами» «Бесы» Достоевского.
Священство было мило сердцу Лескова в первую очередь по родственным причинам. Лесков происходил из духовенства: священником как минимум в четвёртом поколении был его дед Димитрий. Писатель признавался, что «в лице… Савелия Туберозова старался изобразить моего деда, который, однако, на самом деле был гораздо проще Савелия, но напоминал его по характеру». Воспоминания дочери Димитрия Лескова, тетки писателя Прасковьи, и собственный детский опыт Лескова — «жизнь вблизи монастырской слободки, семейные рассказы о семинарском быте, орловские праведники и «разноверы» , богомолья в тихих провинциальных обителях» — послужили материалом для «Соборян».
Как и в случае с другими произведениями Лескова, на восприятии «Соборян» отрицательно сказалась «антинигилистическая» репутация писателя — к которой добавилась одиозная репутация «Русского вестника». В «Соборянах» Лесков вновь обратился к нападкам на нигилистов — влиятельный критик Николай Михайловский пишет, что для писателя «не существует предел «Некуда».
В то же время о «Соборянах» тепло отзывались критики консервативных изданий (Василий Авсеенко ) и духовные писатели. Сохранились свидетельства о том, что к Лескову лично приходили священники, чтобы рассказать, «с каким вниманием прочли мы его прекрасный роман и сообщить кое-что из своей жизни».